Ómicron: ¿Es la detección de esta nueva variante estrictamente una mala noticia?

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Ómicron: ¿Es la detección de esta nueva variante estrictamente una mala noticia?

Aunque todos estemos cansados de la aparición de nuevas variantes del coronavirus, es algo normal y previsible en una pandemia. En realidad, mientras más rápido las detecten los científicos, más medidas de seguridad podremos tomar. En este Comprueba analizamos la capacidad de Sudáfrica para encontrar la variante ómicron, aislarla y secuenciarla en tiempo récord.

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La nueva variante Ómicron (B.1.1.529) reportada en varias muestras realizadas en Gauteng. Network for Genomic Surveillance in South Africa (NGS-SA)

Las alarmas del mundo entero se encendieron por ómicron, la nueva variante del SARS-CoV-2 reportada en Sudáfrica. En apenas unas semanas, se reportaron casos en más de una docena de países, se prohibieron vuelos provenientes de distintos territorios de África e, incluso, algunas farmacéuticas anunciaron ajustes en sus vacunas para responder a la nueva variante.

En toda esta acelerada cadena de acontecimientos, ha pasado inadvertida la eficacia de la ciencia. Si ha sido posible identificar una nueva variante es por la capacidad que tuvo Sudáfrica para encontrarla, aislarla y secuenciar su genoma, lo cual debería implicar, más que alarmas precipitadas, la confianza de que las comunidades científicas están cada vez mejor preparadas para responder a los cambios del virus.

Sin embargo, la forma en la que se ha difundido el reporte de esta nueva variante ha sido, en muchos casos, señalando a Sudáfrica como culpable de su llegada e incluso refiriéndose a ómicron como “variante sudafricana”, como sucedió previamente con otras variantes, llamadas erróneamente: “brasileña”, “británica” o “india”.

El 27 de noviembre el mismo Ministerio de Asuntos Exteriores de Sudáfrica publicó un comunicado en el que cuestiona la forma en la que se ha castigado a Sudáfrica por haber hecho los primeros reportes de ómicron, y enfatiza que las razones por las que varios países han decidido prohibir vuelos desde ese país son políticas y no científicas.

“Esta última ronda de prohibiciones de viaje es similar a castigar a Sudáfrica por su avanzada secuenciación genómica y la capacidad de detectar nuevas variantes más rápidamente. La ciencia excelente debe ser aplaudida y no castigada. La combinación de la capacidad de Sudáfrica para realizar pruebas y su programa de vacunación acelerado, con el respaldo de una comunidad científica de primer nivel, debería dar a nuestros socios mundiales la seguridad de que lo estamos haciendo tan bien como ellos en la gestión de la pandemia”, dice el comunicado.

Por ello, vale la pena revisar las razones por las que los reportes de nuevas variantes no tienen por qué convertirse en condenas globales para los países que las realizan.

Las variantes pueden surgir en
sitios distintos a los que las reportan

Hay una gran diferencia entre el hecho de que un país reporte los primeros casos de un virus o una variante y tener la certeza de que surgió ahí. Y es así porque el proceso para que un virus, o sus variantes, surjan es extremadamente complejo.

El mismo SARS-CoV-2 es el ejemplo perfecto de ello. A pesar de que los primeros reportes de este coronavirus en seres humanos ocurrieron en diciembre de 2019 en Wuhan, China, aún no es posible saber con precisión si el virus surgió estrictamente en ese lugar. Un artículo publicado en The Lancet en octubre de 2021 muestra que pudo haber casos de covid-19 y muestras ambientales positivas antes de que se reportara en Wuhan, a finales de diciembre de 2019.

Por ejemplo, hay informes que reportan la presencia de SARS-CoV-2 en un niño en Italia a y también en aguas residuales en diciembre de 2019; también en Brasil en noviembre de 2019 se detectó su presencia en aguas negras de origen humano; también se reportaron casos de pruebas de anticuerpos positivas a SARS-CoV-2 en adultos, en Francia, entre noviembre de 2019 y enero de 2020.

“Además, recientes resultados de pruebas serológicas indican la posible existencia de una infección por el SARS-CoV-2 en varios estados de Estados Unidos en diciembre de 2019, mucho antes de que ocurriera el primer caso confirmado en Estados Unidos mediante pruebas de ácido nucleico”, dicen los autores.

De manera que un país puede reportar casos, pero eso no significa necesariamente que sea el primero en donde los haya. Independientemente del lugar dónde surjan, lo verdaderamente importante es que los países cuentan con herramientas para identificar nuevas variantes de preocupación y ayudar al resto del mundo a monitorearlas más rápidamente.

Secuenciar una nueva variante
requiere ciencia de primer nivel

Una de las razones por las que ómicron ha generado tanta preocupación es que presenta más de treinta mutaciones en la proteína Spike, a diferencia de las 11-13 que tienen las variantes previas. Estas variaciones en su envoltura podrían significar que la nueva variante infecta con mayor facilidad a las células humanas y por lo tanto podría ser más transmisible.

Aunque todavía no hay suficiente evidencia para probarlo, lo que sí se sabe es que esas mutaciones fueron identificadas gracias a las decenas de científicos sudafricanos que pudieron secuenciar el virus rápidamente.

Sudáfrica es uno de los pocos países que creó una Red de Vigilancia Genómica (NGS-SA) para monitorear los cambios del SARS-CoV-2 desde inicios de la pandemia, en junio de 2020. Esta Red involucra a cinco de sus laboratorios más grandes de sus Servicios Nacionales de Laboratorio de Salud (NHLS), así como instituciones académicas y laboratorios de diagnóstico privados.

Para poder identificar nuevas variantes, Sudáfrica analiza las secuencias de miles de muestras positivas en busca de alguna diferencia respecto a las variantes que circulan en el país. El país ha diseñado protocolos de secuenciación que permiten ahorrar entre seis horas y nueve horas de trabajo manual. Es un proceso tan altamente eficiente que les permite analizar datos prácticamente en tiempo real.

Sudáfrica cuenta además con una herramienta de tipificación de coronavirus denominada Genome Detective capaz de identificar con precisión las nuevas secuencias de coronavirus. “La herramienta puede aceptar hasta 2.000 secuencias por envío y el análisis de una nueva secuencia del genoma completo lleva aproximadamente un minuto. La herramienta ha sido probada y validada con cientos de genomas completos de diez especies de coronavirus (…) la herramienta también permite rastrear nuevas mutaciones virales a medida que el brote se expande por todo el mundo, lo que puede ayudar a acelerar el desarrollo de nuevos diagnósticos, fármacos y vacunas para detener la enfermedad del covid-19”.

Gracias a este procedimiento, les fue posible encontrar esta variante en 77 muestras recolectadas en la provincia de Gauteng a mediados de noviembre y tener, en unos cuantos días, su árbol filogenético completo. El país supo rápidamente que ómicron tiene un perfil genético muy distinto a las variantes previas, y ahora se dedica a estudiarlo para determinar si esos cambios significan mayor transmisibilidad o menos protección por parte de las vacunas disponibles. Todo eso, en tiempo récord.

Datos abiertos para el resto del mundo

Finalmente, una de las varias características importantes de la sofisticada red de vigilancia genómica sudafricana es que todos sus datos son públicos y disponibles para cualquier país.

“Estamos comprometidos con la ciencia abierta y con compartir todos los datos lo más rápidamente posible, pero creemos que la investigación debe ser justa. Tengan en cuenta que los datos compartidos son el trabajo de cientos de personas y deben ser tratados como datos no publicados”, dice en su sitio web la NSG-SA.

El hecho de que lleguen los datos genómicos tan rápido a otros países permite que estos puedan rastrear el nuevo perfil genómico en sus propias muestras poblacionales y determinar si la variante circula ya en sus territorios.

De manera que la tecnología en secuenciación y la ciencia abierta han sido decisivos para conocer este virus y todas sus variantes. Cuando ocurrió el brote de SARS en 2003, tomó cerca de tres meses descifrar su genoma; China logró descifrar el genoma del SARS-CoV-2 en unos días. Y lo mismo han hecho las comunidades científicas de diversos países, como Reino Unido, Brasil, India y Sudáfrica al lograr secuenciar las nuevas variantes.

Por lo tanto, si una preocupación global debe permear ahora no es que surjan nuevas variantes, lo cual es natural e inevitable, sino que todos los países tengan los sistemas de vigilancia genómica necesarios para identificarlas rápidamente.

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