En 16 regiones del Perú más del 70% de contagios se deben a la C.37

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En 16 regiones del Perú más del 70% de contagios se deben a la C.37

Durante toda la pandemia el Instituto Nacional de Salud procesó tan solo 1,200 muestras de SARS-CoV-2. Recién desde mayo, tras adquirir un sistema automatizado, podrá secuenciar 1,200 genomas al mes. En solo dos semanas la mejora ya rindió frutos: la P.1 no era la variante predominante de la segunda ola como se afirmó sin evidencias certeras, sino la C.37.

Variante covid
Después de haber sido minimizada por el Gobierno, todo indica que la C.37 ha sido la gran desencadenante de la segunda ola.

Entre enero y abril de 2021, meses en los que inició la segunda ola en el Perú, el Instituto Nacional de Salud (INS) procesó apenas 240 genomas completos de SARS-CoV-2. Si de por sí el secuenciamiento de genomas ya era bastante reducido (100 muestras por mes), en esa franja de tiempo lo fue más debido a la escasez de insumos. A pesar de ello, el ministro de Salud, Óscar Ugarte, y el propio INS aseguraron que la P.1, originada en Manaos, era la variante más frecuente (40%) y, por tanto, la causante directa del rebrote de contagios.

Hoy eso ha quedado en duda debido a que las autoridades basaron sus afirmaciones en un estudio que utilizó un método alternativo y menos costoso denominado RT-PCR que no alcanza a secuenciar los genomas completos. Un estudio que recogió 579 muestras entre febrero y marzo, y donde en Lima, por ejemplo, la presencia de la P.1 era de 39.7%.

Como se sabe, a través de la vigilancia genómica puede conocerse la evolución del virus. Cómo se transmite, en qué zonas se mueve con mayor rapidez, qué mutaciones ha sufrido, incluso si es capaz de producir reinfecciones y cuál es la gravedad de ellas. De allí su importancia.

Este martes el ministro de Salud, Óscar Ugarte, no solo confirmó la presencia de la variante C.37 cuya incidencia se minimizó en un inicio, sino que dejó entrever que era una variante de preocupación, término que se le adjudica a aquellas variantes del SARS-CoV-2 que son altamente transmisibles como la B.1.617 y la B.1.1.7 asociadas a La India y el Reino Unido, respectivamente. Término que formalmente es colocado por tres organismos en el mundo: la Organización Mundial de la Salud (OMS), el Sistema de Salud Pública de Inglaterra (PHE) y los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC).

Ugarte se tomó esa licencia porque resulta que el 80% del último conjunto de muestras procesadas por el INS corresponde a la variante C.37. Un 80% de un total de 623 genomas completos de 19 regiones del país que pertenecen tan solo a las dos primeras semanas de mayo. Pero, ¿cómo el INS logró secuenciar en dos semanas la mitad de todo lo que se hizo durante la pandemia? Debido a plataforma robótica de secuenciación genómica que acaba de adquirir el Laboratorio de Biomedicina del INS, en la sede de Chorrillos.

Tecnología que, según la doctora Lely Solari, infectóloga del INS, les dará la capacidad de secuenciar 1,200 genomas al mes por el resto de 2021. “Nosotros ya usábamos la secuenciación de genoma completo, pero para otros microorganismos como la tuberculosis, el dengue y el VIH. Lo que hicimos fue adaptar estas plataformas a la secuenciación del SARS-CoV-2, pero era bastante limitado. Digamos que nuestras plataformas eran manuales”, cuenta.

Plataforma robótica de secuenciamiento genómico
El nuevo secuenciador del INS NetxSeq 550 es capaz de procesar 1,200 muestras al mes. Instituto Nacional de Salud.

En su nota de prensa, el Instituto Nacional de Salud hizo hincapié que la nueva plataforma de secuenciación es la tercera en Sudamérica y la cuarta en el continente americano. Y que sus equipos y robots se encuentran en Brasil, Argentina y Estados Unidos. Pablo Tsukayama, investigador principal del laboratorio de Genómica Microbiana de la Universidad Cayetano Heredia, dice que eso no es tan así. Que dichas tecnologías existen en por lo menos cuatro puntos del Perú. Y que si no están en funcionamiento es básicamente porque no han contado con los fondos para comprar los reactivos.

La flamante adquisición del Estado es un secuenciador NextSeq 550 del fabricante estadounidense Illumina. Esta tecnología, que automatiza los procesos, ha llegado a un acuerdo de cesión de uso con el INS. En otras palabras, les prestarán los equipos mientras les compren los insumos.

En cuanto a Tsukayama, su equipo de la Cayetano Heredia fue el primero en alertar el crecimiento de la variante C.37 tras hallar 20 casos en marzo de 2021. Variante que, por cierto, no se registró por primera vez en el Perú o en Chile como se ha divulgado, sino en Argentina el 8 de noviembre de 2020, como apunta el doctor Pedro Romero. En el Perú se notificó el segundo caso recién el 22 de diciembre. Aunque es muy pronto para defender verdades absolutas, este microbiólogo molecular considera que en los primeros meses de la segunda ola aquellos registros del INS que nos llevaban a pensar que la variante mayoritaria era la P.1 en realidad pertenecían a la C.37. “Yo creo que nunca fue P.1. Lo que se observaba más bien era el crecimiento de la C.37 y no se dieron cuenta. El otro escenario es que la P.1 dominó, pero fue desplazada por la C.37. Pero es poco probable porque ha transcurrido muy poco tiempo”.

Esta confusión se produjo, dice Tsukayama, porque los resultados del método RT-PCR —empleado por el INS ante su imposibilidad de analizar genomas completos— se tomaron definitivos cuando debían ser parciales, pues era indispensable que pasaran por un secuenciamiento para ser avalados.

Sea como fuere, el primer muestreo de las nuevas plataformas robóticas de secuenciamiento ha sido categórico: en las 19 regiones que enviaron sus muestras se detectó la C.37. Como puede observarse en el cuadro, en 16 regiones esa presencia supera el 70%. Porcentualmente, los casos más saltantes son Piura y Áncash. En ambas provincias se analizaron 30 muestras, y en 29 (96.7%) de ellas se descubrió la C.37.

En Lima, la región donde más genomas se han secuenciado, el resultado es casi idéntico: de 87 muestras, 82 (94.3%) pertenecen a la C.37. Apenas dos casos son de la P.1, lo que significa solo el 2.3%. Asimismo, en la capital del Perú, la variante B.1.1.7 identificada en Reino Unido registró tan solo un caso.

En los únicos departamentos donde la variante P.1 obtuvo un porcentaje mayor es en Apurímac (30%), Tacna (23.3%), La Libertad (20%), pero sobre todo en San Martín (46.7%). Cabe resaltar que en este primer universo de muestras no se incluyó a Loreto, Ucayali y Madre de Dios, tres regiones amazónicas donde la P.1 se habría expandido con facilidad a raíz del paso continuo en la triple frontera entre brasileños, colombianos y peruanos, en Santa Rosa de Yavarí.

¿En qué momento se gestó la C.37 y de dónde vino? ¿Ingresó a territorio peruano en paralelo a la P.1? ¿Es cierto que posee una mutación que causa la reinfección? Son algunas de las preguntas que se hace la infectóloga Lely Solari y su equipo. “Eso está por reconstruirse. Todavía no lo sabemos. Pero no podemos negar que las demás variantes han sido desplazadas por la C.37”.

Pero, ¿cuánto tardará esa reconstrucción? ¿Cuándo se sabrá realmente la dinámica de trasmisión en los primeros meses del 2021? Solari continúa respondiendo: “Tenemos muchas prioridades. En principio 1,700 muestras de abril de todas las regiones que debemos completar. Ahora que tenemos más capacidad debemos ser estratégicos. Así como nos interesa saber qué sucedió meses atrás, también nos interesa saber qué variantes presentan los pacientes vacunados, los pacientes con cuadros clínicos diferenciados, y también aquellos que han estado en el extranjero. Tendremos que coordinar cómo invertiremos estos recursos”, dice.

El origen de la C.37, bautizada en un principio como variante peruana o andina, aún no ha podido determinarse, pues ha sido hallada en diversos países como Chile, Australia, los Estados Unidos, España, Alemania y Reino Unido. Según la plataforma GISAID, ya se encuentra en 18 países. Lo cierto es que en Chile, donde se detectó hace tres meses, ya se convirtió en la segunda variante con mayor circulación: un 27% que cada vez está más cerca de superar el 28.5% de la P.1.

El contexto ideal para el surgimiento de nuevas variantes es la alta transmisión. Es allí donde el virus se replica y muta. “A raíz de las nuevas plataformas trataremos de impulsar el reglamento de la red de vigilancia genómica. Debemos ponernos de acuerdo con las universidades para no secuenciar lo mismo”, cuenta la doctora Solari.

Al respecto, Pablo Tsukayama, de la Cayetano Heredia, opina que el gran inconveniente es que en el Perú esa red nacional no sería financiada por el Estado. “En otros países, el Gobierno, las universidades y los privados trabajan de la mano. Generan datos juntos y los analizan juntos. Se reparten la tarea. Ese es el modelo que debemos seguir”, sostiene.

Próximamente cinco universidades darán el ejemplo: la Cayetano Heredia, la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, la Universidad Católica del Perú, la Universidad Nacional Toribio Rodríguez de Mendoza Chachapoyas y la Universidad Nacional de San Agustín de Arequipa. Estas casas de estudio han acordado unirse para secuenciar 200 genomas completos cada mes hasta fines de 2021.

Finalmente, la infectóloga del INS, Lely Solari, enfatiza en las precauciones y cuidados en los que debe insistir la población. “Lo que ha ocasionado la segunda ola, más que la C.37, es el comportamiento de la gente. Nos hemos relajado una vez más. Y aunque las muertes se estén reduciendo mientras se sigan produciendo transmisiones esta variante escapará al sistema inmune. No cantemos victoria”.

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